巧克力囊肿不大，症状、体征不重的患者可以观察，保守治疗，用抗生素预防感染；巧克力囊肿，症状、体征重的患者应尽快手术治疗，因流出的囊液可引起盆腔粘连、不育或异位内膜的再次播散和种植。

一般治疗 密切观察患者情变化。

药物治疗 术后一般均仍宜服用治疗子宫内膜异位症的药物，防止肉眼未能检出的病灶或囊液污腹引起新的播散和种植病灶的产生。

手术治疗 年轻未生育者，行囊肿剥除术，尽量保留卵巢组织；对年龄较大且有子女对侧卵巢正常，可考虑行患侧附件切除术；术中注意冲洗吸净囊液。