霉菌性尿道炎主要与非特异性尿道炎、滴虫性尿道炎相鉴别。

1．非特异性尿道炎是非特异性细菌引起尿道炎病变。有尿道痒感、疼痛，常伴尿频、血尿；并有尿道分泌物，初为粘液性，后呈多量脓性。尿液培养可找到非特异性细菌。

2．滴虫性尿道炎为毛滴虫所引起的尿道炎症反应。有尿道痒感、不适。有多量粘液性稀薄的尿道分泌物，继发感染时，可为脓性。取尿道分泌物镜检，可找到滴虫。