第一衣原体和支原体对作用于细胞壁的药物耐药如青霉素万古霉素等，对抑制膜蛋白和泡泡将蛋白合成药物敏感，如四环素类大环内酯类。

第二衣原体和支原体共同敏感的药物有四环素类喹诺酮类，大环内酯类。

第三已有衣原体对四环素类大环内酯类等多重性的耐药报道，5%到10%的支原体对四环素类耐药。

第四四环素类与大环内酯类的疗效和毒性相似。氟氢酸是唯一证明对沙眼衣原体感染有效的喹诺酮类的药物，其疗效类似于四环素类和大环内酯类。