在临床上非淋菌性尿道炎并发症有以下几种：

1、附睾炎：患者可以表现附睾肿大、变硬、会有触痛；

2、前列腺炎：可以有后尿道、会阴部、肛门周围的坠胀、疼痛，这种疼痛可以放射至下腹部、臀部、大腿内侧等，也可以产生性功能障碍；

3、眼结膜炎，多发性关节炎，强制性脊柱炎；

4、在女性当中的并发症可以出现急性的输卵管炎、慢性的输卵管炎；

5、衣原体感染以后可以导致异位妊娠、不育、流产、死胎、新生儿死亡等。