病原菌，引起细菌性痢疾的病原菌为志贺菌，又称痢疾杆菌，属于肠杆菌科志贺菌属，为兼性厌氧的革兰阴性杆菌，有菌毛、无鞭毛、荚膜及牙胞，不具动力，最适宜于需氧生长。

按抗原结构和生化反应不同将志贺菌分为4群（痢疾志贺菌、福氏志贺菌、鲍氏志贺菌、宋氏志贺菌）和51个血清型。

目前我国以福氏和宋内志贺菌占优势，某些地区仍有痢疾志贺菌流行。志贺菌进入机体后是否发病与细菌数量、致病力和人体抵抗力有关。

痢疾志贺菌的毒力最强，可引起严重症状。宋氏志贺菌感染多呈不典型发作。福氏志贺菌感染易转为慢性。致病力强的志贺菌只要10～100个细菌进入人体即可引起发病。

某些慢性病、过度疲劳、暴饮暴食等因素可导致人体抵抗力下降，有利于志贺菌侵入。 志贺菌侵入肠黏膜上皮细胞和固有层后，引起炎症反应和小血管循环障碍，导致肠黏膜炎症、坏死及溃疡。

病变主要累及直肠、乙状结肠，严重时可波及整个结肠和回肠末端。 所有志贺菌均能产生内毒素和外毒素。

内毒素可引起全身反应如发热、毒血症、感染性休克及重要脏器功能衰竭。

外毒素有肠毒素、神经毒素和细胞毒素，分别导致相应的临床症状。