先天性精囊囊肿根据其发生的来源可分为精囊本身和胚胎期中肾管发育异常形成的两类囊肿。

男性胚胎在发育过程中，中肾旁管，中肾管以及存留的一些中肾小管衍变成有用结构或退化无用，它们的某些部分常形成一些管状或泡状残余结构存留在睾丸、附睾或精囊的组织中，有的形成囊肿，有的则在生后的长期生活中，因某些因素引起异常增生形成囊肿。

近来文献报道精囊囊肿的发生与常染色体显性遗传的成人多囊肾病有关，亦有人认为此类囊肿相当于短缩的输尿管或认为是残留的输尿管芽发展成的一囊肿样憩室，故有人称之为“假性精囊囊肿”。