巴氏腺囊肿是因为巴氏腺腺管开口部阻塞，分泌物积聚于腺腔而形成。巴氏腺囊肿多由小逐渐增大，囊肿多为单侧，也可以为双侧。如果囊肿小并且没有感染患者可以没有自觉症状，往往在妇科检查时被发现。如果囊肿大，患者可有外阴坠胀感或性交不适。检查见囊肿多呈椭圆形，大小不等，位于外阴部后下方可向大阴唇外侧突起。

巴氏腺囊肿与前庭大腺炎、巴氏腺脓肿、毛囊炎，还有大阴唇腹股沟疝相鉴别。前庭大腺炎时局部肿胀、疼痛、灼热感、行走不便、有时会导致大小便困难。检查发现局部皮肤红肿、发热、压痛明显，如果脓肿形成时疼痛加剧，囊肿直径可达3到6毫米，局部可有波动感；毛囊炎时一般肿物中心有毛发穿过，外表皮肤也是发红、肿胀、触之疼痛；大阴唇腹股沟疝与腹股沟环相连，挤压后可复位，包块消失，向下屏气，肿块可胀大。巴氏腺囊肿一般手术方式为造口术，巴氏腺炎化脓时可以做切开引流和造口术。