支原体感染后，潜伏期2～3周，症状轻重不一。大多起病不急，有发热、厌食、咳嗽、畏寒、头痛、咽痛、胸骨下疼痛等症状，以发热和咳嗽为主要表现。体温在37℃～41℃之间，大多数在39℃左右，可为持续性或弛张性，或仅有低热，甚至不发热。多数咳嗽较重，初期干咳，继而有痰（偶有少量血丝），有时阵咳稍似百日咳。偶见恶心，呕吐及短暂的斑丘疹或荨麻疹。一般无呼吸困难表现，但婴儿患者可有喘鸣及呼吸困难。重症病例可合并胸腔积液、肺不张，或发生纵隔积气、气胸、坏死性肺炎等。

少数病情发展迅速，可出现呼吸窘迫，甚至死亡。自然病程天数至数天至2～4周不等，大多数在8～12日退热，恢复期需1～2周。X线阴影完全消失，比症状更延长2～3周之久。偶可见复发。约25%的患儿有其他系统表现，如皮肤、黏膜系统、心血管系统、血液系统、神经系统、消化系统等，大约在起病2天至数周。