多系统萎缩的主要症状表现有三部分：

第一大症状为自主神经功能障碍，自主神经功能障碍往往是首发症状，也是最常见的症状之一，有时甚至是MSA的唯一症状，常见的临床表现有：体位性低血压，在体位变化或活动中可有头晕、全身无力甚至短暂的意识丧失，也就是晕厥。男性最早出现的症状是勃起功能障碍，男女患者都会有膀胱功能障碍，表现为尿频、尿急、排尿不尽。尿失禁很普遍。此外还可以出现少汗、皮肤温度降低、皮肤粗糙等。

第二大症状为帕金森综合征。帕金森综合征是MSA-P亚型的突出症状。主要表现为肌张力增高，表情少，运动迟缓，静止性震颤并不显著，起病时症状多不对称，对左旋多巴治疗反应差。

第三大症状为小脑性共济失调。小脑性共济失调是MSA-C亚型的突出症状。临床表现为眼球震颤，爆破样语言，宽基地步态等，检查时可发现指鼻试验、跟膝胫试验阳性，腱反射亢进，病理征阳性等。

此外， 部分患者还会出现吞咽困难，发音困难，轻度的认知功能障碍以及睡眠障碍等。