手术并没有大小之分，只有难易之分。鳃裂瘘管手术是临床相对常见的手术，手术的难度要根据鳃裂瘘管的长度来决定，一般鳃裂瘘管越长，手术的难度越大。

　　若出现第一鳃裂瘘管，可以在注射染料的指示下或探针的引导下进行手术，但在手术过程中应该保证，面神经充分暴露，并且进行确认，避免手术损伤面神经，引起暂时性或要永久性面瘫。

　　若出现第二、第三及第四鳃裂瘘管，可以通过手术切除囊肿、瘘管以及受累的皮肤，术前可通过注射亚甲蓝来指导手术。若经常复发，则应该采用功能性颈廓清手术。

　　本病经过手术基本可以实现治愈，而且预后良好，不影响寿命。