肛门镜和指检相比较，相对而言是肛门镜更疼。因为指检是医生通过在手指抹润滑油的方式探入患者的肛门内通过探诊、触诊的方式判断是否有可疑病变；并且指检通常没有疼痛感，患者也不必过于担心。

　　而肛门镜则需要借助手术器材进入人体肛门内进行检查，并且若发现可疑病变，还要取出病理组织进行活检，通常会有一定的疼痛感，但是疼痛感多在患者承受的范围之内，不需要过于紧张。

　　指检只具有初步筛查的作用，其检查结果并没有肛门镜准确。如果指检发现异常，可以进一步做肛门镜检查。