细菌性扁桃体炎需要给予足量的抗生素治疗，患者需在医生指导下选择敏感性的抗生素药物，一般使用头孢类抗生素以及青霉素类药物，如头孢唑林、头孢拉定、青霉素等。

　　而病毒性扁桃体炎患者一般无需药物治疗即可自愈，所以一般给予对症治疗即可，如患者出现发热症状，可使用布洛芬、对乙酰氨基酚等退烧药物治疗。

　　两者的预后也不同，如果细菌性扁桃体患者没有进行积极治疗，会转变为慢性扁桃体炎，严重时还会诱发肾炎、风湿、风湿性瓣膜病。而病毒性扁桃体炎患者的预后一般较好。