黄体酮低的三种原因主要是：1、多数女性体内的孕酮低是由黄体功能不全引起的，黄体酮主要来源于黄体的分泌，如果黄体不全就会导致孕酮减少，与卵巢功能异常有关。

　　2、妊娠期间孕酮低，与胎儿质量有一定的关系，如果胚胎质量异常，也会影响机体分泌黄体酮，导致黄体酮持续变低。当黄体酮低于一定的数值时，就会发动流产，使胚胎排出体外。

　　3、最后可能是宫外孕引起，宫外孕是指胚胎没有在子宫内着床，而是在子宫内膜以外的部位着床，比如输卵管，因此在妊娠期间会出现孕酮低的情况。