在临床上一旦确诊为新生儿结膜炎，首先要明确病因，查明是由于什么细菌感染引起的，然后针对病因对症治疗。

　　如果属于细菌性结膜炎，则可使用红霉素眼膏，如果合并其他部位的感染，可口服抗生素类药物进行全身治疗。

　　单纯疱疹性结膜炎可使用用三氟尿苷眼膏或眼液治疗；如果病毒扩散到其他器官，则应对症使用抗病毒药物治疗。

　　如果属于过敏性结膜炎，则应及时远离过敏源，同时使用抗过敏药物治疗。

　　治疗期间还应注意眼部清洁与卫生，避免用手揉搓宝宝的眼部，以免加重感染。