脑炎后遗症的治疗有中医治疗，也有西医治疗，主要以康复治疗为主。康复治疗有认知功能训练、智力训练、语言训练、心理干预、交友疗法、音乐疗法、理疗等。另外，还有高压氧舱治疗。

　　中医治疗方面有中医针灸治疗、按摩治疗、循证治疗、中药治疗等。药物治疗方面可以应用一些营养神经药物，主要以对症处理为主。如果出现其他一些严重的并发症，比如脑积水，则可以采取手术治疗。