早期诊断和早期手术，能够治愈胃肠道间质瘤。但是由于胃肠道间质瘤在临床上缺乏一些特异性临床症状，往往很难早期诊断和早期治疗，而且胃肠道间质瘤对放化疗也不敏感。一般情况下，胃肠道间质瘤治疗之后，有将近50%的复发和转移的几率。

　　最近二、三十年来，随着医学的发展，现在可以通过传统开腹手术、腹腔镜手术、消化内镜下手术和腹腔镜联合内镜手术以及分子靶向治疗、免疫治疗等方式来治疗胃肠道间质瘤。