大约10%的胃肠道间质瘤会发生转移，通过血液途径可以转移到肝脏，通过肿瘤细胞播散转移，还可以转移到腹膜，在胃肠道恶性间质瘤中，这两种转移的方式是最常见的。

　　有文献报道，胃肠道间质瘤发生转移的患者，65%都具有肝脏的累及，并且发生于小肠的间质瘤比胃间质瘤更有转移的倾向，但是发生转移的时间间隙长短不一，部分患者发现原发病的时候就存在转移，多数发生在术后16到38个月。