胃肠间质瘤主要是进行手术治疗。如果胃间质瘤相对比较小，直径小于两厘米，可以考虑进行内镜下切除。位于胃大弯侧或是胃前壁的肿瘤，可以考虑进行腹腔镜下手术切除。

　　如果肿瘤较大应考虑开腹或腹腔镜手术切除。如果肿瘤比较大且位于胃食管、直肠等部位，可以先口服甲磺酸伊马替尼治疗，等肿瘤缩小后再进行手术治疗。对于中高复发风险者，术后应长期服用甲磺酸伊马替尼。