小飞虫飞进眼睛里需通过以下方式治疗：

　　第一、注意不能揉眼睛，以免导致飞虫尸体将眼睛的角膜上皮划伤。

　　第二、可用清水冲洗眼镜，争取将飞虫冲洗出。

　　第三、需要在眼部点抗生素滴眼液治疗，预防感染，如氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等。

　　第四、可在眼部点促进角膜修复的药物治疗，例如重组人表皮生长因子滴眼液、重组牛碱性成纤维细胞生长因子滴眼液等。