女性如果怀孕40天是可以进行药物流产的，但是先要去医院进行常规的检查，排查有无药流禁忌症。在进行药物流产，需要进行超声检查，在宫腔内可以看到明显的孕囊排除宫外孕，然后在进行药物流产。一般情况下，药物流产适合怀孕49天的女性，是通过米非司酮和米索前列醇片序贯进行口服，阻断胚胎发育进行收缩子宫，使孕囊排出体外终止妊娠。