很多原因可以导致胚胎发育不良，最常见的原因可能是染色体异常导致的胚胎发育不良，如18三体综合症、21三体综合症等，环境因素或药物影响，也可能导致胚胎发育不良，比如化学因素或者有毒物质、服用某种药物所引起。

　　某些女性疾病导致卵子发育异常或精子发育异常等也会出现胚胎发育不良，还有部分免疫因素同样容易这种现象。