大姨妈第三天不可以同房，只要大姨妈没有完全干净都不可以同房。因为在来大姨妈期间身体的抵抗力比较低，而且经血容易滋生细菌，同房会使细菌经过宫颈逆行进入宫腔，进而会导致子宫内膜炎、输卵管炎、盆腔炎等疾病。甚至有可能会引起输卵管阻塞，最终容易发生宫外孕或者继发性不孕。

　　另外，在来大姨妈第三天同房也会增加患子宫内膜异位症的几率。