月经干净三天以后再同房对身体影响不大，如果时间比较短，比如刚干净就同房，可能宫口还没有完全闭合，有可能会引发子宫内膜炎症或者是月经刚干净同房可能子宫内膜还没有修复完全，性生活刺激会导致内膜再次脱落，会出现一段时间阴道流血，所以干净三天再同房，就不会出现这些情况。如果没有要宝宝打算，虽然干净三天，也应该全程用避孕套，避免出现意外怀孕。