小便尿道疼痛的原因如下：

　　一、淋菌性的尿道炎，主要为不洁性生活导致，通常会引起尿道疼痛、尿道瘙痒、尿道口脓性分泌物增多，确诊以后主要使用头孢菌素类或喹诺酮类抗生素进行治疗。

　　二、尿道结石，排尿或者体位改变时结石就会移动，对尿道造成损伤，引起尿道疼痛。