月经第三天肚子疼，有可能是月经期间身体或者小腹部受寒，或者月经期间饮食方面吃了太多生冷寒凉性食物后，影响经血循环，导致经血瘀滞引起的痛经症状。

　　也可能是月经期间没有做好外阴和阴道清洁卫生，引起病菌上行性感染，导致子宫内膜炎出现的症状，需要配合医生做进一步检查，确诊后对症药物治疗。