四价疫苗和九价疫苗的主要区别是抗HPV亚型不同。四价疫苗主要对抗HPV6、11、16、18四种亚型的HPV感染。九价疫苗可以预防更多HPV亚型感染，包括四价疫苗的HPV6、11、16、18四种以及31、33、45、52、58五种，共有九种HPV亚型。

　　两者接种的年龄不同，四价疫苗一般20到45岁之间接种，九价疫苗建议16岁到26岁之间接种。