甲硝唑属于第一代硝基咪唑类类药物，奥硝唑属于第三代硝基咪唑类药物。而且奥硝唑的副反应要比甲硝唑要少，甲硝唑容易和酒精产生双硫仑样反应，奥硝唑不会产生这种情况。

　　而且奥硝唑的半衰期要比甲硝唑要长，更能够降低患者的耐药性、耐药性的风险。在临床上对于细菌感染，甲硝唑可能会产生耐药性，而奥硝唑对于甲硝唑的耐药性则会非常慢。所以总体上奥硝唑在药物的不良副反应以及药物的治疗效果方面都要优于甲硝唑。