藿香正气丸，对于胃肠型感冒所导致拉肚子是有效果的，或者是由于病毒感染以后所导致的胃肠道功能紊乱，可以表现为腹痛、腹泻、恶心、呕吐、全身无力等症状，严重情况下还可以伴有发热的症状。但是对于细菌感染导致的腹泻是没有效果的，此外对于进食不当、食物中毒导致的腹泻以及进食生冷食物后导致的腹泻是没有作用的。此外，对于慢性的腹泻，例如炎症性肠病导致的腹泻以及结肠、直肠肿瘤导致的腹泻，藿香正气丸也是没有效果的。