两岁宝宝发烧39度可以通过以下几种方法进行治疗：

　　一、物理降温，比如将凉毛巾或退热贴放置在宝宝的额头处。

　　二、使用温水给宝宝洗澡，以促进散热。

　　如果经过上述处理之后，宝宝的体温仍然没有下降，家长一定要带宝宝到医院进行治疗，以免持续高热引起热性惊厥。