多发性肝囊肿在临床上属于治疗的难点，如果不进行手术有时会造成肝脏的实质压迫，造成肝功能损害，损害到一定程度会出现肝功能衰竭。

　　二期，多发肝囊肿往往数目较多，从肝内到肝脏的表面层层堆积在一起，所以手术有时很难达到完全将囊肿彻底去除的目的，如果局限在肝脏的某一部位。可以将此部位切除，但往往肝脏的多发囊会遍布整个肝脏，所以目前最好的治疗方法是换肝，进行肝移植手术。