线粒体脑肌病目前并没有特效的治疗方法，并且该病也不能完全的治愈。目前线粒体脑疾病的主要治疗方法包括运动治疗、饮食调整、药物治疗以及基因治疗等等。通过有氧的耐力运动以及抗阻力的训练，可以使患者的临床症状得到明显的改善。

　　在患者的日常饮食当中，应该以碳水化合物以及提高脂肪含量的饮食为主。另外，对于线粒体脑疾病的药物治疗主要包括辅酶Q10、肌酸、ATP以及维生素E、维生素K等药物；另外基因治疗并没有得到广泛的开展，如果患者出现了癫痫，还需积极地控制癫痫的发作。