自身免疫性脑炎的治疗时间可能比普通的病毒性脑炎治疗时间要长，大部分免疫性脑炎的患者，可能治疗要持续3～6个月，甚至有些患者会更长。

　　因为自身免疫性脑炎，有一部分患者可能会复发，所以治疗的时程要比其他的脑炎治疗的时程要更长。并且会让患者3个月、6个月、甚至1年，定期到医院复诊。因此，自身免疫性脑炎的患者，不能自己随意的停药，一定在医生指导下进行规律的长程治疗。