移植后第12天肚子还是隐隐作痛，可能是胚胎成功着床、保胎药物，或压力过大等原因引起的。

1、胚胎成功着床：胚胎成功在子宫着床后，会促进人绒毛促性腺激素的分泌以及黄体酮的分泌。由于激素水平的变化，可能会出现腹部隐痛、胸部胀痛等类似于月经来临的症状。这是正常的，适当多休息，几天后不适症状就会消失。

2、保胎药物：胚胎移植后，对于大部分孕妇都会给予激素类药物行保胎治疗，有些女性会出现腹痛的情况。这是正常的，通常腹痛不严重，若腹痛加剧，需及时就医。

3、压力过大：胚胎移植后总是担心自己能不成功怀孕，经常处于焦虑、紧张的情绪中，也会引起腹痛。需调整心态，转移注意力，建议做一些令自己放松愉快的事情，这样更有利于胚胎着床、发育。

移植后第12天肚子还是隐隐作痛还可能是先兆流产、宫外孕的表现。