支气管源性囊肿手术风险主要与支气管源性囊肿所在部位有关，如果囊肿位于下纵隔、肺内或者其它部位，手术切除囊肿相对比较容易，手术风险相对较低。

　　如果囊肿位于上纵隔，由于组织解剖结构比较复杂，且囊肿通常可能与主气管共壁，在手术时可能会损伤邻近气管、血管或者神经，手术风险相对较大。随着对支气管源性囊肿认识深入，目前手术风险已经大大降低。