早期支气管源性囊肿并发症主要与囊肿压迫气管时间太长、手术损伤或是麻醉有关，可能会出现气管软化、气管瘘、支气管胸膜瘘、肺部感染、肺不张、肺水肿。

　　上述并发症通过呼吸机支持、充分引流、药物治疗，基本可以得到治愈，也有个别情况需要二次手术干预。晚期并发症主要是囊肿复发，目前有文献报道有个别囊肿患儿可能会出现癌性变。