小儿抽动症的病因目前尚未完全明确。但多认为一、遗传因素，比如家族中一级亲属中有抽动症的孩子患抽动症的比例升高。

　　二、神经生化改变。多与五羟色胺等神经递质的传递有关。

　　三是影像学的异常，部分抽动症的孩子影像学提示背侧丘脑基底节，海马等结构异常。

　　四、自身免疫性病因。多见于A组溶血性链球菌感染后导致。