胚胎停育的原因有很多，最主要的原因还是胚胎自身的因素，胚胎或胎儿染色体异常是最容易导致胚胎停育的。还有是因为母亲患有全身性的疾病，包括免疫功能异常的疾病，都有可能导致。或者是子宫畸形，子宫先天发育不良也会引起，还有些是因为内分泌功能异常，比如黄体功能不全，多囊卵巢综合征，甲状腺功能异常等。

　　另外，不良的生活习惯，比如过量吸烟，酗酒，过量饮咖啡或者接触了有毒有害的物质都可能导致胚胎停育。