肠道菌群失调能不能自愈主要与引起的原因相关。如果是单纯性食物引起的肠道菌群失调，此时机体的免疫力可以达到一定的自愈效果。如果是恶性肿瘤引起的消化道肠道菌群的失调，此时病情严重是需要积极的手术切除治疗，不可能达到自愈。

　　所以长期出现肠道菌群的失调应该及时到医院就诊，完善相关检查，明确病因，选择合适的治疗方案。