胃肠镜后黑便一般在3~7天左右就会消失，但由于每个人的身体状况不同，所以消失的时间上可能会存在一定的差异。

在胃肠镜检查后出现黑便的情况，主要是由于在检查时胃肠道的黏膜受到了损伤所引起，如果胃肠道黏膜损伤并不严重，一般在3天后黑便症状就会逐渐消退，但如果胃肠道黏膜损伤的比较严重，黑便消失的时间就会延长，大概在7天左右。在黑便的同时还伴有腹部疼痛情况，则建议在医生指导下通过服用枸橼酸铋钾、碳酸铝保护胃黏膜类的药物进行治疗。

在治疗期间饮食上避免吃添加防腐剂过多的食物。