肛门脓肿手术大多数过程中并不会出现疼痛，术后多数会出现疼痛的症状，多数为正常的反应。

肛门脓肿手术前期通常需要局部注射麻醉，过程中患者并不会出现疼痛或者出现其他的不良反应，术后随着局部的麻药效果逐渐的减弱和消失，患者的伤口组织可以出现疼痛，疼痛程度有个体差异，多数在自身的承受范围之内，并不会导致患者身体出现严重的疼痛难忍症状。如果患者疼痛难忍，可以遵医嘱服用止痛药。

术后恢复期间可以用高锰酸钾水局部坐浴清洗，有利于加快局部的伤口组织恢复。