蹲下起来膝盖内侧疼可能是过度运动、半月板损伤、膝关节炎症等，要配合医生做治疗。

1、过度运动：过度运动引起的，膝盖部位有大量的乳酸沉积，可能会伴有膝盖内侧疼痛。可以通过泡热水澡的方法来改善，症状会逐渐的减轻。

2、半月板损伤：在下蹲的过程中引起了半月板损伤，会伴有刺激性疼痛，可以配合医生通过阿莫西林胶囊、罗红霉素胶囊、布洛芬颗粒等药物缓解症状。

3、膝关节炎症：如果存在风湿性关节炎，在下蹲期间会伴有关节刺激性疼痛。需要配合医生通过来氟米特胶囊、塞来昔布胶囊、双氯芬酸钠缓释片等药物治疗。

除了以上原因以外，也有可能是骨质增生等，要配合医生做治疗。