睡醒后肩胛骨缝里疼痛难忍可能是受寒、肩周炎、外伤等因素所导致，需要根据个人情况来选择合理的调整措施。

1、受寒：在晚上睡觉的时候，如果没有盖好被子或者长时间吹空调，就有可能会导致寒气入侵，造成局部肿胀、疼痛。可以通过针灸或者按摩等方法进行调理。

2、肩周炎：肩周炎是肩膀部位发生了无菌性炎症，可能会导致肌肉劳损或者肩胛疼痛的状态，也可能会造成骨头缝里边疼痛。可以通过艾灸或者是推拿等方法调理。

3、外伤：在肩膀部位受到外力撞击之后，也可能会造成骨头受损，而且还会造成骨头缝疼痛肿胀的问题。可在医生指导下通过口服活血止痛胶囊、布洛芬缓释胶囊和头孢克肟分散片等药物治疗。

除以上原因外，也不排除是颈椎病等因素所导致，需要到医院做检查明确病原，针对性治疗。