染色体异常是早期流产最常见的原因，主要包括数目的异常和结构异常。13-三体、16-三体、18-三体、21-三体最为常见，这主要与母体、父亲以及环境因素有关。

　　在母体因素方面主要是孕妇可能患有全身性的疾病，比如感染、高热、严重贫血或者是黄体功能不足、糖尿病、甲状腺功能减退等等。同时，孕妇过量的吸烟酗酒、过量饮咖啡、海洛因等毒品，都会导致染色体的异常。在父亲因素方面主要是精子的染色体异常。临床上，精子的畸形率异常增高与染色体异常有关。最后是环境因素，过多的接触放射线以及有害的化学物质也会导致染色体的异常。