男性小腹隐隐作痛的原因如下：一、阑尾炎，如果阑尾的位置比较低，在盆腔里面，则阑尾炎发作的时候会出现小腹疼痛。

　　二、肠炎，常见的是直肠炎或者溃疡性结肠炎，患者除了小腹疼痛，还会伴有腹泻，腹胀等不适。

　　三、膀胱炎，患者除了小腹疼痛，还有尿频、尿急、尿痛等不适，部分患者还会有发热。