巧克力囊肿不治疗易引起囊肿继续长大，发生囊肿破裂，引起囊肿与周围组织黏连、下腹部疼痛等症状。巧克力囊肿还会引起输卵管不通及卵巢功能受损，诱发不孕。

　　此外，巧克力囊肿长期不治疗，有发生恶变的几率。一般巧克力囊肿大于4厘米，建议手术治疗，术后预防复发，需要给予药物治疗。