婴儿脑积水，大部分都是由于各种先天性因素导致的，其中最常见的原因，是家族遗传因素以及基因突变，和染色体的异常。

　　其他的原因，包括孕妇在怀孕期间，不恰当的接触各种放射线以及电离辐射。另外，也和孕妇在怀孕期间，不恰当的使用各种药物有关。其他的原因，还包括宫内的感染以及出血等原因。