肛瘘症状的表现与病情的严重程度有关。反复发作瘘外口流出少量的脓性、血液，黏液性分泌物为主要的症状。

　　较大的高位肛瘘，常有粪便或气体排出，由于分泌物的刺激，使肛门不潮湿，瘙痒有时会形成湿疹。有脓肿形成时，常同时伴有明显的疼痛，甚至出现发热、寒战、乏力等全身感染性症状。体格检查时可以见到单个或多个外口，挤压时有脓液分泌物排出。