附件囊肿一般并没有最好的治疗方法，通常适合于药物治疗、微创手术、开放性手术等多种的方法治疗。
1、药物治疗：多数可以在医生指导下使用地屈孕酮片、孕酮胶囊、复方醋酸甲地孕酮片等孕激素药物治疗，有利于抑制身体排卵，从而可以防止囊肿的生长速度加重，有利于囊肿逐渐的萎缩。
2、微创手术：附件囊肿长时间没有消除和存在有腹部坠痛等不良反应，直径小于5厘米多数可以选择腹腔镜微创手术的方式切除治疗，多数为良性的病变，可以达到良好的治疗效果。
3、开放性手术：附件囊肿直径超过5厘米以上和较大时，一般需要通过开放性手术的方式切除治疗，可以起到治愈的效果。