巧克力囊肿一般可以通过药物治疗、手术治疗、辅助生殖治疗等方法来达到改善的效果。
1、药物治疗：主要是在医生指导下使用抗炎和解热的药物治疗，能够缓解病变所引起的腹部疼痛或者是痛经，常见的药物主要有阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊、甲硝唑片等。
2、手术治疗：如果巧克力囊肿比较严重，一般需要通过手术的方法做切除治疗，这样能够将病灶组织尽快的切除，而且能够避免病情出现加重。
3、辅助生殖治疗：对于出现不孕的患者，一般可以通过辅助生殖技术来达到怀孕的效果，比如超促卵或者是试管婴儿。