眼睛会莫名其妙的疼可能是受到外界刺激的因素导致，也有可能是存在炎症的因素引发，另外不排除过度用眼导致的可能。
1、受到刺激：眼睛突然出现疼痛不适的感觉，可能是接受到了亮光，突然的刺激或者是其他的外界刺激导致。
2、炎症因素：眼睛出现莫名其妙的疼痛，可能是存在炎症的因素引发，比如患有结膜炎，角膜炎以及睑板腺发炎等因素导致。
3、过度用眼：眼睛会莫名其妙的疼痛，也有可能是过度用眼的因素，导致会使眼睛出现干涩，并且还会导致个人的视力有所下降。